Κατά την διάρκεια των σπουδών οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση μεταπτυχιακών μαθημάτων, συμμετοχή σε εργαστηριακές ασκήσεις, πραγματοποίηση έρευνας και εκπόνηση διπλωματικής εργασίας.
Ο συνολικός αριθμός των μαθημάτων του προγράμματος που πρέπει να παρακολουθήσουν οι μεταπτυχιακοί φοιτητές ανέρχεται σε έξι (6): τρία (3) μαθήματα στο πρώτο εξάμηνο που αντιστοιχούν σε τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες (Π.Μ.) και τρία (3) μαθήματα στο δεύτερο εξάμηνο που αντιστοιχούν σε τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες (Π.Μ.). Σε κάθε ένα από δύο πρώτα εξάμηνα, οι φοιτητές καλούνται να επιλέξουν τρία μαθήματα από μία δεξαμενή έξι μαθημάτων ίσης βαρύτητας (10 Π.Μ.) έκαστο, ώστε να συμπληρωθούν οι 30 Π.Μ. του κάθε εξαμήνου. Στα δύο τελευταία εξάμηνα, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να πραγματοποιήσουν έρευνα σε ένα εξειδικευμένο γνωστικό πεδίο και να συγγράψουν διπλωματική εργασία η οποία αντιστοιχεί σε εξήντα (60) πιστωτικές μονάδες (Π.Μ.). Για την απόκτηση του ΜΔΕ-ΕΧ απαιτούνται εκατόν είκοσι (120) πιστωτικές μονάδες.
Τροποποίηση του προγράμματος μαθημάτων και ανακατανομή μεταξύ των εξαμήνων μπορεί να επέλθει με αποφάσεις των αρμοδίων οργάνων και με αναφορά στον κανονισμό μεταπτυχιακών σπουδών.
H Μεταπτυχιακή Εργασία (ΜΕ), αποτελεί το επιστέγασμα των μεταπτυχιακών σπουδών του φοιτητή και την απόδειξη των γνώσεων και δεξιοτήτων που αποκόμισε από το Π.Μ.Σ. Η ΜΕ πρέπει να είναι ένας συνδυασμός βιβλιογραφικής ή εμπειρικής ερευνητικής μελέτης και ανάπτυξης κάποιας εφαρμογής/λογισμικού η οποία συγκροτείται με βάση συγκεκριμένο επιστημολογικό πλαίσιο, χρησιμοποιεί δόκιμες ερευνητικές μεθόδους και επιβλέπεται από διδάσκοντα του προγράμματος.
Όλες οι ΜΕ παρουσιάζονται δημόσια. Οι λεπτομέρειες σύνταξης, παράδοσης, παρουσίασης και αξιολόγησης της ΜΕ ορίζονται με απόφαση της Συντονιστικής Επιτροπής (ΣΕ).
Η Μεταπτυχιακή Εργασία υποστηρίζεται δημόσια ενώπιον τριμελούς εξεταστικής επιτροπής, που ορίζει η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του Π.Μ.Σ. και στην οποία συμμετέχουν ο επιβλέπων και δύο (2) άλλοι καθηγητές.
Το αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων και έρευνας για πλήρη φοίτηση ορίζεται ως εξής: